三方协议一旦签订，就具有法律约束力，因此原则上不允许随意涂改。如果确实需要修改，可以采取以下几种方法：
直接修改并盖章或按手印
如果修改内容较少且其他两方同意，可以直接在原协议上划掉错误部分，然后正确填写，并在修改处加盖个人或单位的公章或按手印。这种做法在一些情况下是被接受的，例如深圳完美空间游戏动漫培训就业基地的学生所签的企业定向就业培养协议中就有类似做法，学校和企业在修改处按手印后均表示认可。
签订补充协议
如果修改内容较多或较重要，三方可以另外签订一份补充协议来更正原协议中的错误。补充协议应与原协议具有同等法律效力，并且需要双方签字或盖章确认。
重新签订三方协议
如果涂改部分较多，或者原协议已经无法准确反映双方意愿，最保险的做法是重新签订一份新的三方协议，确保所有内容都是准确无误的。
无论采取哪种方法，都需要确保修改过程得到所有相关方的同意，并且修改后的内容清晰可见，避免产生歧义。同时，建议在签订三方协议前，各方都应认真核对协议内容，确保无误，以减少后期修改的需要。
