要运行增值税的抵扣程序，请按照以下步骤操作：1. 连接电脑控税盘，登录“增值税勾选确定平台”或“增值税网上勾选平台”。2. 选择“发票抵扣启用”或“发票抵扣”。3. 筛选出待抵扣的进项税票信息并进行“勾选”，选择“确定”。4. 选择抵扣统计