赔偿款不得扣除的原因主要涉及以下几个方面：
工伤保险待遇的专用性
根据《工伤保险条例》第三十条的规定，工伤保险基金支付的待遇是专款专用的，不得附加任何条件，不得扣除或挪作他用。这意味着工伤补助金等专项救济款项受到法律的特殊保护，不能被随意扣押或划拨。
专项用途款项的保护
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五百一十三条明确了社会保险基金、最低生活保障金、抚恤金、救济金、医疗救助金、孤儿基金、恤养金等专项用途的救济款项不得扣押、冻结或划拨。这进一步强调了这些款项的专用性和不可侵犯性。
违法成本的承担
《国家税务总局关于印发〈企业所得税税前扣除办法〉的通知》（国税发84号）第六条规定，因违反法律、行政法规而交付的罚款、罚金、滞纳金不得扣除。这些费用是因为企业的违法行为而产生的，因此不能作为税前扣除的项目。
民事赔偿与保险报销的关系
在民事赔偿中，如果受害者已经从医疗保险中报销了部分费用，那么这部分费用通常不应从赔偿款中再次扣除。这是因为赔偿的目的是为了填补受害者因侵权行为而遭受的实际损失，而医疗保险报销是基于受害者投保而产生的收益，两者属于不同的法律关系。
企业所得税的扣除限制
根据《中华人民共和国企业所得税法》第十条的规定，罚金、罚款和被没收财物的损失不得扣除。这意味着这些费用在计算企业所得税应纳税所得额时，不能作为可扣除的项目。
综上所述，赔偿款不得扣除的原因主要包括其专用性、受法律保护的性质，以及与违法行为相关的成本承担等因素。在具体情况下，是否允许扣除需要结合相关法律法规和具体案件情况进行判断。
