公司年检应该在国家企业信用信息公示系统进行申报。具体步骤如下：
1. 登录国家企业信用信息公示系统：http://www.gsxt.gov.cn/index.html。
2. 点击“企业信息填报”，在区域选择企业登记机关所在地。
3. 选择所属区域后，会弹出如下窗口，按照要求填写企业信息点击登录。
4. 登录后，点击“年度报告在线填录”，阅读须知确认，选择需要申报的年份，然后根据公司状况进行申报提交。
建议：
确保公司具备上网条件，并提前确认好需要申报的年份和相关信息。
填报数据会实时上报国家市场监督管理总局，预计公示系统会在2天左右进行公示，因此请合理安排时间。
如果需要纸质版年检材料，可以在申报成功后下载并打印相关表格，并按照要求到指定地点提交材料。
