秸秆补贴的管理部门主要是 农业部门或 地方政府。具体来说：
农业部门
秸秆补贴由县级财政（或授权乡级财政）将补助资金通过“一卡（折）通”系统直接打卡给补助对象，并注明“秸秆还田”字样。
农民可以向当地的农业局、农办、财政局、农综办等机构寻求帮助。
地方政府
根据《中华人民共和国农业法》第三十一条规定，秸秆补贴由省、自治区、直辖市人民政府负责管理，具体办法由国务院农业行政主管部门制定。
各区农业农村委、市属有关单位负责农作物秸秆综合利用补贴申报操作流程。
因此，秸秆补贴的具体管理部门可能是县级农业部门或相关乡级财政，而省级人民政府则负责制定具体的管理办法。建议农民朋友向当地的农业部门或相关政府机构咨询具体的补贴政策和申请流程。
