员工违约时，公司可以采取以下措施处理：
协商解决
首先，用人单位应当与员工进行协商，明确违约的具体情形，并根据劳动合同和相关法律法规寻求解决方案。
如果双方能够达成一致，可以通过签订补充协议或修改劳动合同等方式解决问题。
利用合同条款
用人单位可以依据劳动合同中约定的违约条款来处理员工违约行为。
劳动合同中明确约定的违约金情形包括：劳动者违反服务期约定、劳动者违反竞业限制约定等。
赔偿损失
如果员工违约给用人单位造成了实际损失，用人单位可以要求员工进行赔偿。
赔偿范围可以包括直接损失和间接损失，但需要有充分的证据证明损失的存在及其与违约行为的因果关系。
法律途径
如果协商无果，用人单位可以通过劳动仲裁或诉讼的方式解决纠纷。
在仲裁或诉讼过程中，用人单位需要提供充分的证据证明员工违约事实及造成的损失。
其他措施
用人单位还可以根据具体情况采取其他措施，例如：扣押劳动者居民身份证等证件、要求劳动者支付违约金等。
但需注意，这些措施必须符合《劳动合同法》及相关法律法规的规定，否则可能面临法律处罚。
建议
用人单位在处理员工违约问题时，应首先尝试通过协商解决问题，以减少不必要的法律纠纷和成本。
在协商过程中，应明确违约行为的性质及造成的损失，并提出合理的赔偿要求。
如果协商无果，应及时寻求法律帮助，通过仲裁或诉讼维护自身合法权益。
同时，用人单位也应加强内部管理，完善劳动合同管理制度，预防类似问题的发生。
