商铺两层出租的方式有以下几种：
直接出租
可以通过中介公司或相关平台直接将商铺二楼对外出租，这种方式比较省心，且每月可以拿到相应的租金，相对划算。
自己利用
二楼的商铺也可以用于开店，具体是否适合开店需要根据实际情况来判断。
整体出租
两层的店面一般不建议分开出租，因为分开租给两家租户可能会涉及到水费、电费、开门关门时间等协调问题，比较麻烦。通常情况下，大都是一齐出租给一家租户。
合同租赁
出租方和承租方可以签订租赁合同，明确双方的权利和义务，包括租金、租期、维修责任、水电费用、物业管理费等。合同应当详细列明各项条款，以确保双方权益。
产权调查
在承租商铺之前，应当进行产权调查，确认房屋的用途和土地用途，确保房屋类型为商业用房性质，土地用途为非住宅性质，方可承租作为商铺使用。
租赁税费和保证金
按照法律、法规、规章及其他规范性文件规定，缴纳租赁税费和租赁保证金。建议押金适当高一些，以应对可能出现的损坏或未按时支付租金等情况。
合同登记备案
租赁合同签订后，应当到当地房地产管理部门办理登记备案，虽然登记备案不影响合同的生效，但有助于保护双方权益。
建议
选择合适的出租方式：根据自身需求选择直接出租或自己利用，若要开店则需要确保商铺符合开店条件。
签订详细合同：签订正式的租赁合同，明确各项条款，确保双方权益得到保障。
进行产权调查：在承租前务必进行产权调查，确保房屋用途和土地用途符合要求。
缴纳相关费用：按照规定缴纳租赁税费和保证金，确保租赁过程合法合规。
办理登记备案：及时办理租赁合同登记备案，以便在出现纠纷时维护自身权益。
